Národné prírodné rezervácie
Šomoška – rozloha 36,62 ha, bola vyhlásená na ochranu morfologicky výrazného kopca s odkryvom šesťbokej stĺpovitej odlučnosti čadiča zvaného „Kamenný vodopád“ so zrúcaninou stredovekého hradu, s pestrou mozaikou biocenóz a výskytom viacerých chránených druhov rastlín (napr. kukučka vencová) a živočíchov (salamandra škvrnitá, jašterica zelená, jašterica múrová, rak riečny).
Pohanský hrad – v roku 2000 bola rezervácia rozšírená na súčasnú rozlohu 223,35 ha, chránená je od r.1964, územná ochrana bola zameraná na gravitáciou rozrušený bazaltový okraj tohto lávového pokrovu. Vytvorené sú v ňom bralnaté formy reliéfu /skalné veže, okná, kamenná ulica/. Z uvoľnených kamenných blokov pod bralami vznikli balvanové prúdy v ktorých sa nachádza 31 nepravých pseudokrasových jaskýň, ochrana sa vzťahuje na celý komplex zachovanej stolovej hory s lesnými, skalnými a travinno-bylinnými spoločenstvami. Zo vzácnych rastlinných druhov sa tu vyskytuje napr. poniklec veľkokvetý, poniklec lúčny český, ľalia zlatohlavá, nátržník skalný, prilbovka červená, kruštík širokolostý, kruštík drobnolistý. Z chránených živočíchov slamandra škrnitá, jašterica zelená, múrová, slepúch lámavý, úžovka stromová.
Ragáč – rozloha je 9,3 ha. Vrcholové časti tvorené troskovým kužeľom, sú predmetom ochrany od roku 1964. Zachovali sa na ňom dutiny po výbuchoch a výfukoch sopečných plynov a pár. Vek tohto vulkánu je 1,39 mil. rokov. Svahy chrbta lávového prúdu sú porastené cerovým lesom, v jeho presvetlených častiach rastú vzácne druhy teplomilných rastlín (kukučka vencová, prilbovka biela, nátržník drobnokvetý). Zo živočíchov viacero druhov netopierov, jašterice, hady. Z húb koralovec ježovitý. Z rastinných druhov suchokvet ročný, kukučka vencová.
Národná prírodná pamiatka
Kostná dolina – významná paleontologická lokalita o výmere 4,92 ha, je chránená od roku 1994. Tvorí ju výmoľový jarok, ktorý prerezáva okraj sopečného krátera maarového typu s jazerno-tufovou výplňou. Predstavuje bohaté nálezisko mastodontov, nosorožcov a tapírov z obdobia najvyššieho pleistocénu. Nálezisko bolo objavené v roku 1863. Boli tu zistené zvyšky hyeny, medveďa panda, opice a niektoré boli v tejto lokalite po prvýkrát opísané ako nové druhy pre svetovú faunu a flóru. Sú to napr. Parailurus hungaricus, Mimomys hajnackensis, Torreya fejfari.
Prírodné rezervácie
Hajnáčsky hradný vrch – výmera 9,7 ha, chránený od roku 1958, v krajine dominantný vypreparovaný sopečný komín, s významnými ukážkami odkryvov v geologickej stavbe, ktoré dokumentujú neogénny vulkanizmus v oblasti Cerovej vrchoviny. Výskyt pôvodného rastlinstva (kavyľ Ivanov) a živočíšstva (viacero druhov jašteríc).
Ostrá skala – výmera 17,79 ha, je chránená od roku 2001. Predstavuje bazaltový komplex, ktorý pozostáva z maaru prekrytého troskovým kužeľom z centrálnym lávovým prienikom. Predstavuje krajinnú dominantu Cerovej vrchoviny s charakteristickými rastlinnými (kavyľ Ivanov) a živočíšnymi spoločenstvami skalných lesostepí a dubových lesov.
Steblová skala – výmera 35,42 ha., chránená od roku 2000, ukážkovo vypreparovaná bazaltová výplň sopečného krátera, bazaltových žíl a výlevov, so zachovalou stĺpovitou odlučnosťou čadiča. Vo vrcholovej a hrebeňovej časti Steblovej skaly ako aj v severnej časti Šuhajovej skaly sa prirodzenými formami zvetrávania vytvorili pôsobivé bralnaté okraje sopečných telies. Na lesostepných plochách rastú vzácne a chránené druhy teplomilnej flóry (kosatec nízky, Iris pumila, Poniklec lúčny český, Zlatofúž južný, kavyľ, mechúrnik stromovitý) a fauny (jašterica zelená, múrová, hady, netopiere).
Prírodné pamiatky
Čakanovský profil – výmera 0,69 ha, od roku 1990 chránený ukážkový geologický profil usadenín ustupujúceho (spodnomiocénneho) mora a následných suchozemských jazerných a riečnych sedimentov. V hornej časti profilu sa nachádza hnedouhoľný sloj, vytvorený v močiarnom prostredí. Prítomnosť ryodacitových tufov v hornej časti, reprezentuje začiatok neskoršej vulkanickej činnosti.
Belinské skaly – výmera 7,11 ha, vyhlásená v roku 1993 je ukážkou tzv. skalného mesta v počiatočnom štádiu vývoja. Vytvára sa na západnom okraji lávového prúdu. V dôsledku zvetrávania bazaltu vznikajú skalné veže, okná a výrazné doskovité formy odlučnosti.Z rastlinných druhov poniklec lúčny český, kukučka vencová.
Jalovské vrstvy – výmera 1,7 ha, od roku 1988 chránený prirodzený geologický odkryv, je typovou lokalitou spodnomiocénnych morských pieskovcovo-zlepencových jalovských vrstiev. Výberovým zvetrávaním sú zvýraznené odolnejšie pieskovcové lavice, ktoré vytvárajú krajinársky pôsobivý reliéf.
Soví hrad – výmera 2,81 ha, chránený od roku 1958. Bralo vysoké 85 m, predstavuje vypreparovanú výplň sopúcha. Je zložené zo sopečných brekcií, vo vyššej polovici aj z tufov a tufitov, ktoré sa usadili na dne pôvodného kráterového jazera. Stepná stráň kopca poskytuje vhodný biotop pre teplomilnú flóru (poniklec lúčny český, kavyľ pôvabný, sladič pílkovitý) a faunu (jašterica zelená, múrová, syseľ pasienkový).
Zaboda – výmera 20,72 ha, územie je chránené od roku 1999. Krajinársky významný kužeľovitý vrch je tvorený celistvým bazaltom, ktorý stuhol v sopečnom komíne /nek/. Na jeho okrajoch sa zvetrávaním vytvorili skalné veže a rozsadlinové dutiny. V lesnom poraste rastú teplomilné chránené druhy rastlín (Prilbovka červená).
Chránené areály
Fenek – výmera 3,98 ha, chránený od roku 1993. Predstavuje ojedinelý zachovaný močiarny biotop v Cerovej vrchovine, s výskytom ohrozených druhov rastlín (prilbovka dlholistá, prilbovka biela), vzácnych druhov slimákov a hmyzu viazaného na vodu. Zamokrená erózno-denudačná dolina, je významným ekostabilizačným prvkom v krajine.
Vinohrady – výmera 35,79 ha, územie je chránené od roku 1999. Travinné spoločenstvo s výskytom vzácnych druhov flóry a fauny v podmienkach extenzívne využívanej poľnohospodárskej krajiny. Rastie tu, v našich podmienkach zriedkavo sa vyskytujúci, panónsky endemit ľan chlpatý hladkastý, ktorý patrí k ohrozeným taxónom flóry Slovenska.