Podľa fytogeografického členenia územie CHKO Cerová vrchovina patrí do oblasti panónskej flóry (Pannonicum), podoblasti pramatranskej xerotermnej flóry (Matricum), fytogeografického okresu Ipeľsko-rimavská brázda. Pôvodnými prirodzenými rastlinnými spoločenstvami sú lesné spoločenstvá, teplomilné spoločenstvá skál a skalných stepí, spoločenstvá mokradí. K druhotným spoločenstvám radíme ekologicky už viac-menej stabilizované, odlesnením vzniknuté stepné formácie, kroviny a spoločenstvá okolia umelých vodných nádrží.